專項資金是指具有專門用途的資金，是國家為了發(fā)展、扶持某項事業(yè)而專門設(shè)立的。專項資金反映了國家在一段時期內(nèi)對經(jīng)濟的調(diào)控、扶持政策，一般具有較強的政策性和時效性。比如在1998年用于抗洪救災(zāi)。對專項資金進行審計，應(yīng)該是對專項資金使用項目從立項到驗收等全過程進行監(jiān)督。也就是說，應(yīng)該監(jiān)督項目的立項、設(shè)計、申報、資金劃撥、工程施工、峻工驗收等所有環(huán)節(jié)。審計部門對專項資金的審計，是落實國家政策，保障專項資金安全的重要手段之一。但是，審計人員也常常發(fā)現(xiàn)，目前專項資金在使用過程中一般存在著截留、擠占、挪用、設(shè)小金庫等問題，往往造成工程質(zhì)量不達標、資金使用效益不佳、滋生腐敗后果。為了查處違紀行為，預(yù)防犯罪，充分發(fā)揮審計職責，可采取以下幾種方法：項目跟蹤審查法（看是否截留）專項資金是根據(jù)具體項目經(jīng)過專項審批后設(shè)立的。資金既是檢查的重點，又是專項資金活動的具體體現(xiàn)。

在審計過程中，有必要對項目從開始立項到資金撥付及使用情況整個過程進行追蹤審查。要對照項目審批文件中規(guī)定的資金額度、用途、到位、管理、使用等多個環(huán)節(jié)進行核對。用順查法一步一步、一筆一筆，按照運行軌跡審查。雖然工作繁瑣，但只有這樣，才可以全面、有效地判斷資金來源、到位、撥付和使用等方面是否合規(guī)、合法，從而查清項目資金在整個經(jīng)濟活動過程中存在的問題，避免固有的審計風險。項目支出審查法專項資金支出審計是體現(xiàn)資金使用效果的重要環(huán)節(jié)，審計時應(yīng)以資金支出為主線，順藤摸瓜。首先要審計支出憑證，辨別真?zhèn)?。在對其真實性確定后，再對其合法性進行審計。

審計通?？梢酝ㄟ^內(nèi)查外調(diào)，同時可以利用對使用單位進行查詢、核對外調(diào)等方法進行查證。如對農(nóng)民的各種補貼，可深入到農(nóng)戶家中調(diào)查，也可通過電話查詢，這種辦法行之有效。賬外資金審查法（看是否設(shè)置“小金庫”）專項資金是很容易被挪用并用來設(shè)置“小金庫”的。怎樣才能有效地監(jiān)督這些對國計民生有重大影響的資金呢？如下幾點可供參考：通過查賬和詢問，弄清單位專項資金的開戶情況和專項資金總量情況，核對發(fā)生額之和是否吻合。查專項資金銀行對賬單與專項資金銀行存款賬期末余額是否一致，著重對“未達賬款”進行調(diào)整，掌握專項資金的全部情況，以利追根溯源，確保專項資金的安全完整。對項目施工單位的工程收入進行核對，重點是看是否出具了能夠與項目資金核對相符的正式發(fā)票，資金是否進入單位賬簿，有無返還或者提供信息費、服務(wù)費等情況。